Stockpit vous permet de créer des inventaires. Ainsi, les utilisateurs peuvent réaliser un décompte manuel de leurs stocks et d'effectuer les ajustements nécessaires dans Stockpit en même temps.
Cela peut être fait dans chacun de vos lieux de stock, avec la possibilité d'ajouter un emplacement plus précis afin de faire un inventaire d'une zone spécifique.
Il y a plusieurs façon de procéder à un inventaire sur Stockpit :
1 - Mettre à jour les quantités manuellement
2- Utiliser une douchette pour ajouter automatiquement les produits à l'inventaire
3- Utiliser un téléphone et scanner les codes-barres avec la caméra
4- Faire un export et un import du fichier pour ceux préférant travailler hors-ligne ou dans un lieu de stockage sans réseau
Chaque changement est automatiquement sauvegardé afin d'éviter toute perte de données. Quand les nouvelles quantités sont saisies, l'écart entre les nouveaux et les anciens niveaux de stock est également affiché.
Quand le document est créé, il garde une trace de chaque ajustement nécessaire, il ne manque alors qu'une dernière confirmation pour terminer l'inventaire et appliquer les ajustements.
Si des opérations ont lieu entre la création du document et la confirmation, ces dernières n'affectent pas l'ajustement des stocks. En effet, Stockpit base les ajustements sur l'écart entre les quantités comptées pendant l'inventaire et les niveaux de stock au moment de la création du document. 
Les ajustements sont également recensés au sein de votre registre des stocks.